Aujourd’hui, une simple identification du nombre de bactéries par type, ce qui représente le microbiote, n’est pas suffisante. Il s’agit d’établir la carte des fonctions géniques bactériennes, c’est-à-dire le microbiome. Cette cartographie permet de mieux comprendre comment les bactéries intestinales modulent le métabolisme. De nombreux facteurs peuvent déséquilibrer le microbiote intestinal : cette modification est qualifiée de dysbiose si elle persiste dans le temps.