L'absorption et la bonne assimilation des aliments sont sous la dépendance de la sécrétion d'enzymes et d'hormones qui travaillent de façon cyclique. Elles sont sous la commande de différents stimuli comme la lumière, le sommeil, le chaud, le froid, la faim et la satiété. Le fonctionnement des différents métabolismes évolue donc au cours d'une journée. Certains débutent le matin, d'autres sont très actifs en milieu d'après-midi et s'arrêtent le soir. La chrononutrition se sert de cette particularité pour élaborer sa théorie.