Quatre-vingt-dix cas d’effets indésirables survenus à la suite de la prise de compléments alimentaires contenant de la mélatonine ont été transmis à l’ANSES depuis la création du dispositif de nutrivigilance en 2009 et jusqu’au mois de mai 2017. Les effets rapportés sont des céphalées, vertiges, somnolence, cauchemars, irritabilité, mais aussi des troubles neurologiques (tremblements, migraines) et gastro-intestinaux (nausées, vomissements, douleurs abdominales).