L'Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé (ANSM) met en garde contre les effets secondaires du violet de gentiane, notamment chez les enfants allaités, lorsqu'il est appliqué localement chez la femme pour traiter une candidose mammaire. Les pharmaciens ne doivent pas dispenser de solution de violet de gentiane sans prescription médicale.