On parle de plus en plus du rôle du microbiote intestinal qui, lorsqu’il est déséquilibré (dysbiose), participe à la physiopathologie des MICI. Une dysbiose peut favoriser la colonisation intestinale par des bactéries entraînant une inflammation intestinale chronique. Elle peut aussi être responsable de la modification du contenu laminal (mucus, acides biliaires) qui participe aussi à l’installation de cette inflammation chronique.